При использовании электронного учебника с использованием системы организации образовательного процесса образовательной организации (автономной или как части муниципального, регионального уровня) предлагается упаковать ресурсы электронного учебника в систему организации образовательного процесса в соответствии техническими спецификациями. Доступ к электронному учебнику осуществляется посредством Интернет браузера мобильного устройства при обращении к серверу систему организации образовательного процесса. Такая схема использования электронного учебника является идеальной для образовательной организации. Результаты образовательной деятельности будут передаваться и храниться в системе организации образовательного процесса.
Так, электронный учебник является важным компонентом информационно- образовательной среды школы (ИОС), которая обеспечивает взаимосвязь электронных - образовательных ресурсов, входящих в его состав. Использование электронного учебника в образовательном процесса предусматривает возможность его интергации с системой управления обучениеми управлением образовательным контентом.